未染色的細(xì)胞
確定背景和自發(fā)熒光的陰性對照；設(shè)置PMT電壓。

完全染色的細(xì)胞
確定一些超出坐標(biāo)軸的事件；設(shè)置PMT電壓。

單染的細(xì)胞/微球
調(diào)節(jié)補償

同型對照
設(shè)門，用于消除同類抗體的非特異性染色。每個抗體均會有不同水平的背景染色，這種背景與其結(jié)合特異性、抗體濃度、抗體聚集程度、熒光素：抗體比例等因素有關(guān)。挑選同型對照除了要選對物種、亞型，還需要看抗體的結(jié)合特異性、濃度等等各種因素。
 

熒光扣除對照（FMO）
設(shè)門，用于消除熒光滲漏熒光的背景。

多色實驗時，要檢測某個熒光通道的表達(dá)情況，由于熒光滲漏影響占主要，所以檢測時先將該通道的抗體去掉，檢測一下其它通道漏到此通道的背景熒光水平，進(jìn)行正確排除，從而幫助設(shè)門。

未刺激或未處理的樣本
實驗陰性對照

陽性細(xì)胞（刺激或特殊藥物處理過的）
實驗陽性對照

用細(xì)胞活性染色（例如PI等）標(biāo)記細(xì)胞
區(qū)分死、活細(xì)胞。